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    在創新三期進行組織結構調整，建立濕地生態與環境、區域農業、地理遙感信息和東北區域發展等四個研究中心（重點實驗室）。其中，濕地生態與環境重點實驗室設四個專業實驗室和一個野外臺站；區域農業研究中心設兩個專業實驗室和兩個野外臺站；地理遙感信息中心設一個專業實驗室和一個野外臺站。

    研究所平臺與支撐體系能力建設方面：完善濕地生態與環境重點實驗室裝備建設，進入院級重點實驗室序列；著力加強“黑土生態重點實驗室”（黑龍江省）、吉林省生態恢復與生態系統管理重點實驗室（科技部）的基礎研究能力建設；配套三江沼澤濕地生態試驗站和海倫農業生態實驗站兩個國家級野外站的觀測系統，積極促進國際合作和交流；繼續加強院級野外開放實驗站——長春凈月潭遙感實驗站的地物高光譜測試和應用試驗研究；參照院ＣＥＲＮ站標準開展大安堿地生態實驗站野外監測和數據獲取；初步構建東北區域地理環境與農業生態過程動態變化監測體系。

    聯合研究機構建設方面：鞏固與發展中國科學院濕地研究中心；懷俄羅斯科學院太平洋地理研究所、日本地球環境綜合國立研究所、朝鮮國家科學院地理研究所、韓國大學地理第等共建東北亞地理研究中心。